استقلال در سال 1999 با هدایت اسطوره آبی‌، مرحوم ناصر خان حجازی، و مدیر عاملی فتح الله زده, با تیمهای العین امارات و الهلال عربستان و نماینده ترکمنستان همگروه بود. استقلال با شکست تیمهای الهلال و نماینده ترکمنستان موفق به صعود از این گروه شد. در مرحله حذفی این مسابقات مقابل دالیان چین قرار گرفت و استقلال با گل محمود فکری و علیرضا موسوی 2-0 از حریف خود پیش افتاد و در ادامه با 3 گل در دقایق 60،63 و 77 از حریف خود عقب افتاد. علیرضا اکبرپور در دقیقه 84 موفق شد بازی را به تساوی بکشد و در دقیقه 108 وقتهای اضافه علی موسوی گل پیروزی استقلال را به ثمر رساند. استقلال در دیدار فینال مقابل جوبیلو ایواتا ژاپن صف آرایی کرد و این تیم ژاپنی بود که با 2گل دقیقه 36 و 45 از استقلال پیش افتاد و گل زیباس سیروس دین محمدی برای استقلال سودی نداشت و متاسفانه استقلال برای دومین بار قهرمانی را از دست داد و عنوان نایب قهرمان آسیا را کسب کرد.

این دیدار ششمین دیدار پرتمشاگر تاریخ فوتبال جهان, و پر تماشاگرترین بازی فوتبال قارهٔ آسیا میباشد.