خداحافظی‌اش از فوتبال ایران، کارهایش در وزارت امور خارجه را بیشتر کرد. می‌گویند یکی از دلایلی که تصمیم گرفت زود از دنیای فوتبال خداحافظی کند این بود که وعده داده بودند قرار است به کنسولگری ایران در انگلیس فرستاده شود. این امر البته محقق هم شد و کاشانی به‌عنوان دیپلمات راهی انگلیس شد. زندگی سیاسی او به‌عنوان کارمند وزارت امور خارجه تداوم داشت. او در سفارتخانه‌های مختلف ایران در کشورهای آلمان، سوریه و امارات هم انجام وظیفه کرد تا این که دوباره به ایران برگشت. البته دوران دیپلماتیکش هم مثل زمان فوتبالش متفاوت بود.ماجرای مجادله‌اش با صادق خلخالی، حاکم شرع دادگاه‌های ایران در تابستان سال ۱۳۶۱ هم ماجرای متفاوتی است که درباره‌اش زیاد صحبت نشده است. در آن سال‌ها جعفر کاشانی سرپرست کنسولگری ایران در امارات بود؛ روایتی از همان زمان‌ها نقل شده که خلخالی تصمیم می‌گیرد در سفرش به امارات، سخنرانی‌ای ترتیب دهد و در آن نام خلیج‌ فارس را به‌عنوان خلیج اسلامی معرفی کند. کاشانی که به این موضوع پی برده بود، مانع از این اقدام می‌شود و اجازه چنین سخنرانی و بالطبع چنین تغییری را نمی‌دهد. از قرار، همان مجادله سرآغاز اختلاف این دو نفر می‌شود؛ به‌ طوری‌ که خلخالی در بازگشت از امارات از وزیر وقت ایران می‌خواهد «ورزشکار فاسدالاخلاق سابق» را برکنار کنند. این درخواست اما در روزنامه کیهان همان سال منتشر شده؛ «کیهان» در گزارشی از دیدار صادق خلخالی با «علی‌اکبر ولایتی»، وزیر وقت امور خارجه ایران، نوشت: «هنوز نارسایی‌هایی در کار وزارت امور خارجه وجود دارد. ... شخصی به نام کاشانی که ورزشکاری فاسدالاخلاق بوده و این آدم را در آنجا (دوبی) سرپرست کنسولگری کردند و بعد هم وقتی پرونده‌اش به جریان افتاد، فهمیدند آدم نابابی است. او را خواستند اما نیامده به آلمان رفت.»کاشانی را نه آن سال، بلکه سه سال بعد به ایران برگرداندند و از قرار، پیشنهادهای سیاسی دیگری به او دادند تا همچنان به کارش در این عرصه ادامه دهد ولی او که از رفتارهای سینوسی در دنیای سیاست خسته شده بود، هیچ‌کدام از آن پیشنهادها را نمی‌پذیرد و دوباره به دنیای فوتبال برمی‌گردد.